2019年10月期に放送されたseason1、20年3月に公開された『劇場版 おいしい給食 Final Battle』の2年後を描く。前作で転勤になった給食マニアの教師・甘利田幸男（市原）。相変わらず生徒たちには厳しく接する厳格な教師。だが頭の中は給食のことしかない。毎朝献立を執拗に確認し、ランチタイムに万全を期す。そんな折、甘利田の担任する3年1組に転校生がやって来る。登校してきたその生徒に慄然（りつぜん）する甘利田。それは、かつて甘利田と給食対決をくりひろげてきた宿敵、神野ゴウ（佐藤大志）だった…。